Η βιβλιοθήκη Μπόντλιαν είναι η βασική βιβλιοθήκη για έρευνα στο Πανεπιστήμιο της Οξφόρδης, μια από τις παλαιότερες στην Ευρώπη και δεύτερη σε μέγεθος στο Ηνωμένο Βασίλειο (με πρώτη την Βρετανική Βιβλιοθήκη). Προορίζεται αποκλειστικά για μελέτες και έρευνες και απαιτείται από τους χρήστες να μην την χρησιμοποιούν για επουσιώδεις λόγους, αλλά μόνον εφόσον ασχολούνται με τα δύο προαναφερθέντα αντικείμενα.
Το 1448 κατασκευάστηκε το κτίσμα που έγινε γνωστό ως "Βιβλιοθήκη του Δούκα Χάμφρεϊ" που είναι σήμερα το παλαιότερο κτίσμα της Βιβλιοθήκης Μπόντλιαν. Η ευκαιρία για τη μετακίνηση της Βιβλιοθήκης σε νέο κτίριο δόθηκε από τη δωρεά του Χάμφρεϊ, Δούκα του Γκλώστερ, νεότερο αδελφό του βασιλέα Ερρίκου Δ΄ που απαρτιζόταν από τεράστιας αξίας συλλογή περισσότερων από 280 χειρογράφων, μεταξύ των οποίων και χειρόγραφα με κλασικά κείμενα. Η συλλογή αυτή θα προκαλούσε κυριολεκτικά συμφόρηση στον μικρό χώρο τη Βιβλιοθήκης και, το 1444, το Πανεπιστήμιο αποφάσισε την ανέγερση νέου κτιρίου στην περιοχή της Σχολής Divinity, η οποία είχε αρχίσει να λειτουργεί μόλις 20 χρόνια πριν σε μια περιοχή του βορεινού άκρου της School Street, που γειτνίαζε με τα τείχη της πόλης. Η έκταση αυτή ανήκε στο Κολέγιο Μπάλιολ (Baliol College). Λόγω ελλείψεων στη χρηματοδότηση, το νέο κτίριο ολοκληρώθηκε αρκετά αργότερα και η Βιβλιοθήκη άρχισε να μεταφέρεται το 1478, για να αρχίσει τελικά να λειτουργεί δέκα χρόνια αργότερα.
Η τελική διάσωση της Βιβλιοθήκης έγινε από τον Σερ Τόμας Μπόντλεϊ, του Κολεγίου Μέρτον, ο οποίος είχε υπηρετήσει στο διπλωματικό σώμα και είχε εκτελέσει ορισμένες αποστολές για λογαριασμό της βασίλισσας Ελισάβετ. Εν τω μεταξύ, νυμφεύτηκε μια ευκατάστατη χήρα, της οποίας ο αποθανών σύζυγος είχε δημιουργήσει σημαντική περιουσία από το εμπόριο σαρδέλας. Ο Μπόντλεϊ, διαπιστώνοντας ότι τα βιβλία της αρχικής βιβλιοθήκης είχαν διασκορπιστεί, απέστειλε επιστολή στο Πανεπιστήμιο στις 23 Φεβρουαρίου 1598 με την οποία δήλωνε την πρόθεσή του να αποκαταστήσει τη Βιβλιοθήκη του Πανεπιστημίου, αναλαμβάνοντας τις δαπάνες εξοπλισμού της με νέα ράφια, έδρανα και καθίσματα. Πριν τις 19 Μαρτίου του ίδιου έτους ο Μπόντλεϊ μαζί με τον Σερ Χένρι Σάβιλ, διευθυντή σπουδών του Μέρτον, κατέστρωσαν ένα γενικό σχέδιο για τη Βιβλιοθήκη: Το Μέρτον είχε ήδη προμηθευτεί την απαραίτητη ξυλεία την οποία επεξεργάζονταν πριονιστές, έχοντας αποδεχτεί τη δωρεά του Μπόντλεϊ. Σε επιστολή του προς το Πανεπιστήμιο δύο χρόνια αργότερα ο Μπόντλεϊ αποκαλύπτει την ανυπομονησία του να "τελειώνει μέσα στο προσεχές δεκαπενθήμερο με τους ξυλουργούς, τους μαραγκούς, τους υαλουργούς και όλον αυτό τον αργόσχολο συρφετό". Ο εξοπλισμός της βιβλιοθήκης με δικτυωτά, αλυσίδες και λοιπά σιδηρικά είχε σχεδόν τελειώσει ως τον Ιούνιο του 1600, αλλά για λόγους που δεν σχετίζονταν με το κτίριο, η Βιβλιοθήκη δεν άρχισε τη λειτουργία της πριν τις 8 Νοεμβρίου 1602, διαθέτοντας περίπου 2.500 τόμους, προερχόμενους κυρίως από τον ίδιο τον Μπόντλεϊ αλλά και άλλους δωρητές...
Από το 1610 μέχρι σήμερα, αποτελεί μία από τις έξι αποθετήριες βιβλιοθήκες του Ηνωμένου Βασιλείου, υπό την έννοια ότι όλες οι εκδοτικές εταιρείες που εκδίδουν κάποιο βιβλίο στη χώρα οφείλουν να αποστείλουν αντίτυπό του στη Βιβλιοθήκη.
σχόλια