Εντολή για αντικαταστάσεις αξιωματικών αλλά και ολόκληρου λιμενικού τμήματος έδωσε ο Παναγιώτης Κουρουμπλής, που διέταξε σαρωτικές αλλαγές στο Λιμενικό Σώμα και κυρίως στα Κεντρικά Λιμεναρχεία του Πειραιά και της Ελευσίνας μετά το ατύχημα του «Αγία Ζώνη ΙΙ». Παρόλο που αρχικά ο υπουργός Ναυτιλίας είχε δηλώσει σχετικά με το συμβάν πως «έγιναν όλα καλά», φαίνεται πως τελικά άλλαξε γνώμη με αποτέλεσμα να δώσει την σχετική εντολή στον αρχηγό του Λιμενικό Σώματος, Σταμάτη Ράπτη.
Σύμφωνα με δημοσίευμα του Ελεύθερου Τύπου, οι αντικαταστάσεις αφορούν αξιωματικούς στο Κεντρικό Λιμεναρχείο Πειραιά, στο Λιμεναρχείο της Ελευσίνας, στο Β' λιμενικό τμήμα Πειραιά, το οποίο έχει ως χώρο δράσης και ελέγχου το Κερατσίνι, αλλά και τον «κακοχαρακτηρισμένο» το τελευταίο διάστημα Κλάδο Επιθεώρησης Πλοίων (ΚΕΠ). Ο αρχηγός του Λιμενικού Σώματος είναι υποχρεωμένος να προβεί στις μεταθέσεις αυτές. Για τουλάχιστον δύο περιπτώσεις αξιωματικών φαίνεται πως το γραφείο του υπουργού έχει υποδείξει και τους αντικαταστάτες, οι οποίοι χαίρουν εκτίμησης από τον Παναγιώτη Κουρουμπλή για την ως τώρα εργασία τους μέσα στο υπουργείο Ναυτιλίας.
Οι αντικαταστάσεις είναι απόρροια τόσο της διαχείρισης του ναυαγίου όσο κυρίως της μεγάλης ρύπανσης που ακολούθησε. Ωστόσο, φαίνεται ότι σε κάποιες περιπτώσεις στελεχών η απομάκρυνσή τους από τις συγκεκριμένες επιτελικές θέσεις θα γίνει κυρίως για τις ευθύνες που ενδεχομένως υπάρχουν για τις υποθέσεις λαθρεμπορίας καυσίμων. Ομως, επειδή δεν υπάρχουν τη δεδομένη στιγμή απτά στοιχεία, η κίνηση του υπουργού είναι η μετακίνησή τους σε άλλες υπηρεσίες.
Το Λιμεναρχείο Πειραιά είχε από το νόμο την κύρια ευθύνη στην εφαρμογή του Προεδρικού Διατάγματος το οποίο ορίζει τους κανόνες και τα βήματα που ακολουθούνται σε περιστατικά θαλάσσιας ρύπανσης, τη διαχείριση όλων των εμπλεκόμενων φορέων αλλά και την επιβολή του νόμου όπου χρειάζεται. Οι αναμενόμενες αλλαγές, οι οποίες συζητούνται εδώ και καιρό, αποδεικνύουν τους λανθασμένους χειρισμούς που ακολουθήθηκαν σε αρκετά βήματα της υπόθεσης «Αγία Ζώνη ΙΙ». Για το Λιμεναρχείο Ελευσίνας όσο και το Β' Λιμενικό Τμήμα Πειραιά -στο οποίο σύμφωνα με πληροφορίες η απόφαση αφορά περίπου 15 άτομα- οι αντικαταστάσεις γίνονται σε ανθρώπους οι οποίοι εδώ και αρκετά χρόνια χειρίζονται υποθέσεις ελέγχου πλοίων και φορτώσεων πετρελαιοειδών και τους καταλογίζονται μη επαρκή αποτελέσματα στην ως τώρα δράση τους.
