Ως ψήφο του κόσμου της Αριστεράς υπέρ του διαχωρισμού Κράτους – Εκκλησίας, θεωρεί τα υψηλά ποσοστά με τα οποία εξελέγη στην ΚΕ του ΣΥΡΙΖΑ, ο υπουργός Παιδείας, Ν. Φίλης.
Μιλώντας στον ραδιοσταθμό «Real FM» είπε πως «πρώτα-πρώτα δεν θέλουμε κόντρα και δεν είναι κόντρα με την Εκκλησία. Είναι διατύπωση διαφορετικών απόψεων στη βάση γνωστών, προγραμματικών, θέσεων δικών μας και στη βάση γνωστών θέσεων της Εκκλησίας. Δεν έγινε γι' αυτό τον λόγο κάποια αντιπαράθεση και πιστεύω ούτε από τη μεριά της Εκκλησίας έχει κάποιο τέτοιο χαρακτήρα η διατύπωση».
Συμπλήρωσε επίσης: «Είναι σίγουρο ότι ο κόσμος της Αριστεράς έχει επί χρόνια γαλουχηθεί και πολιτικά πειστεί, ότι πρέπει να γίνουν βήματα σε αυτό που ονομάζεται διαχωρισμός της Εκκλησίας από το Κράτος. Αυτό είναι γνωστό, είναι προγραμματική θέση της Αριστεράς κι εδώ και στην Ευρώπη και παντού, όπου έχει ανέβει αριστερό κόμμα, έχει προωθήσει βήματα. Πρέπει να διευκρινίσουμε τι εννοούμε, ποιοι είναι οι ρόλοι εκατέρωθεν, καμία αντίρρηση. Αυτό το στοιχείο πιστεύω, ναι, ήταν "παρών" στο συνέδριο του ΣΥΡΙΖΑ και καθόρισε σε μεγάλο βαθμό και την υποστήριξη που υπήρξε και προς το πρόσωπό μου, αλλά συνολικότερα στην πορεία ενός αριστερού κόμματος σε συνθήκες διακυβέρνησης. Διότι αυτό είναι το μείζον που συζητήσαμε στο συνέδριο».
Στο ερώτημα αν η κυβέρνηση έχει υποχωρήσει στο θέμα των Θρησκευτικών, ο κ. Φίλης απάντησε: «Όχι. Δεν έχει υποχωρήσει. Προφανώς, όπως είπε και ο πρωθυπουργός στη Βουλή, η εφαρμογή των νέων προγραμμάτων θα γίνει εφέτος και θα αξιολογηθούν στο τέλος του χρόνου που θα δοθούν τα νέα βιβλία. Τη χρονιά αυτή το υλικό που συνοδεύει τη διδασκαλία των νέων προγραμμάτων των Θρησκευτικών είναι πλούσιο και περιλαμβάνει, ανάμεσα στα άλλα, τα βιβλία τα οποία εμείς, ως κυβέρνηση, διανείμαμε το καλοκαίρι. Αυτό είναι σαφές. Θέλουμε να υπάρξει μία συνεννόηση στο ζήτημα αυτό; Βεβαίως, αλλά η συνεννόηση προϋποθέτει διάλογο και διάλογος έγινε και μπορεί να γίνει και ξανά διάλογος. Δεν σημαίνει αμφισβήτηση του κριτηρίου "ποιος αποφασίζει". Κι αποφασίζει η Πολιτεία, δεν συναποφασίζουμε με κανέναν».
Και τόνισε: «Είναι, κατά τη γνώμη μου, ένα πλαίσιο σχέσεων που δεν βοηθά ούτε την Εκκλησία, ούτε την Πολιτεία. Αν βγούμε από την κρίση και μπορούμε να βγούμε με σταθερά βήματα που αφορούν την οικονομία, δεν μπορούμε να επιστρέψουμε σε νοοτροπίες, ιδεολογίες, σχέσεις εξουσίας που προϋπήρχαν της κρίσης και οδήγησαν τη χώρα σε αυτή την κρίση. Αυτό είναι πολύ σημαντικό».
σχόλια