Μετά από χρόνια απομόνωσης από τον κόσμο των ανθρώπων, τα Χελωνονιντζάκια βγαίνουν στην επιφάνεια για να κερδίσουν, μέσα από τις ηρωικές τους πράξεις, τις καρδιές των Νεοϋορκέζων και να καταφέρουν να γίνουν αποδεκτοί ως κανονικοί έφηβοι. Με τη βοήθεια της νέας τους φίλης, April O’Neil, θα κληθούν να αντιμετωπίσουν ένα μυστηριώδες συνδικάτο εγκλήματος, που αποτελείται από στρατό μεταλλαγμένων.