Μετά τη Μικρασιατική Καταστροφή, το 1930, οπότε και υπεγράφη το Ελληνοτουρκικό Σύμφωνο Φιλίας, ο Αμερικανός ακαδημαϊκός και αρχαιολόγος Τόμας Γουίτμορ (Thomas Whittemore, 1871-1950) ίδρυσε το Ινστιτούτο Βυζαντινών Σπουδών Αμερικής.
 

Ο Τομας Γουίμορ διέθετε ισχυρές γνωριμίες στην αμερικανική κοινωνία, κυρίως πρόσωπα από τον χώρο της πολιτικής και της οικονομίας όπως η οικογένεια Ροκφέλερ. Ο Γουτμορ διατηρούσε άριστες προσωπικές σχέσεις και με τον Μουσταφά Κεμάλ και εικάζεται ότι αυτός τον έπεισε να μετατρέψει την Αγιά Σοφιά σε Μουσείο. Το Ιούνιο του 1931 του δόθηκε άδεια για την καθαίρεση των οθωμανικών κονιαμάτων από την περίοδο 1847-9 του σουλτάνου Αβδούλ Μετζίτ Α', και τον Δεκέμβριο του ίδιου έτους του ανατέθηκε η αποκάλυψη των χριστιανικών ψηφιδωτών που είχαν προηγουμένως σκεπαστεί.
 

Για τη μετατροπή της Αγίας Σοφίας από ενεργό τζαμί σε κοσμικό μουσείο το 1931 ο Γουίτμορ έγραψε χαρακτηριστικά : «Η Αγία Σοφία ήταν ένα τζαμί την ημέρα που του μίλησα (Μουσταφά Κεμαλ) . Το επόμενο πρωί, όταν πήγα στο τζαμί, υπήρχε πινακίδα στην πόρτα γραμμένη στο χέρι του Ατατούρκ που έγραφε "Το μουσείο είναι κλειστό για επισκευές"».
 

Τα ψηφιδωτά εντυπωσίασαν ακόμα και τον Μουσταφά Κεμάλ, ενώ αριθμημένα αντίγραφά τους διατέθηκαν στις ΗΠΑ προς πώληση ώστε να αναχρηματοδοτηθούν οι εργασίες συντήρησης.
 

Πάντως η συγκατάθεση του ιδρυτή της Τουρκικής Δημοκρατίας για τη μετατροπή της Αγιάς Σοφιάς σε μουσείο, εντασσόταν σε μια γενικότερη πολιτική προβολής της ως κράτος με αυστηρά κοσμική φυσιογνωμία. «Όλα τα ιστορικά έργα στην Τουρκία μαρτυρούν τη δημιουργικότητα και κουλτούρα της τουρκικής φυλής, ακόμα κι αν αναφέρονται ως έργα των Χετταίων, Φρυγών, Λυδών, Ρωμαίων, Βυζαντινών ή Οθωμανών. Η ονομασία ορίζει μόνο περιόδους. Όλα είναι τουρκικά, και ως εκ τούτου είναι καθήκον όλων των Τούρκων να τα διατηρήσουν», δήλωνε το 1930 ο τότε υπουργός Παιδείας, υπονοώντας ότι ο τουρκισμός ήταν το χωνευτήρι των προηγούμενων πολιτισμών.
 

Τα φιλμ-ντοκουμέντα που αναρτώνται σήμερα, δείχνουν σκηνές από την αποκάλυψη και αποκατάσταση των ψηφιδωτών. Προέρχονται από το αρχείο του Χάρβαρντ και δεν έχουν ήχο.