οι Ελληνες συνεργάτες των Γερμανών επέμεναν να περιληφθεί στα ανταλλάγματα και η παραχώρηση στο Δήμο του Εβραϊκού νεκροταφείου, που κάλυπτε έκταση 350 στρεμμάτων και φιλοξενούσε εκατοντάδες χιλιάδες τάφους. Τον Οκτώβριο του 1942, οι Ελληνικές αρχές ειδοποίησαν την Εβραϊκή κοινότητα να σταματήσει κάθε χρήση του νεκροταφείου και να χτίσει δύο νέα στις παρυφές της πόλης· κάθε καθυστέρηση θα σήμαινε άμεση κατεδάφιση. Όταν ζητήθηκε μια παράταση μέχρι να τελειώσει ο χειμώνας, η απάντηση του Δήμου ήταν να στείλει άμεσα 500 εργάτες που άρχισαν να καταστρέφουν τους τάφους, σκορπώντας λείψανα και στοιβάζοντας τις ταφόπλακες. Οι Γερμανοί επωφελήθηκαν άμεσα κατάσχοντας ένα μέρος από τις πλάκες για στρώσιμο δρόμων (και την κατασκευή μιας πισίνας). Αλλά οι Ελληνες, υπηρεσίες κι ιδιώτες, πλιατσικολόγησαν τα περισσότερα. Μέσα σε διάστημα λίγων εβδομάδων το νεκροταφείο είχε αφανιστεί, ενώ αυλές και μάντρες είχαν γεμίσει από ταφόπλακες για μελλοντικές οικοδομικές χρήσεις. Το έργο συνέχισαν οι τυμβωρύχοι που έσκαβαν τους τάφους αναζητώντας κοσμήματα και τιμαλφή (τα τρωκτικά συνέχισαν το άθλημα για χρόνια ακόμη). Στην καταστροφή αυτή, οι κατοχικές αρχές έδωσαν το πράσινο φως, αλλά ούτε η πρωτοβουλία, ούτε η εφαρμογή ήταν δικιά τους. http://www.sarajevomag.gr/entipa/teuhos_13/i13_p17_vourkos.htmlΛίγο μετά την κατάληψη της Θεσσαλονίκης από τους Γερμανούς, στις 8 Απριλίου 1941, μία ομάδα πολιτών, ανάμεσά τους και μέλη του δημοτικού συμβουλίου, αιτήθηκε από τη διοίκηση των Ναζί την απαλλοτρίωση της συνολικής έκτασης του νεκροταφείου. Καθώς η απόφαση για την ολοκληρωτική καταστροφή της μεγάλης Εβραϊκής κοινότητας της πόλης είχε ήδη ληφθεί, οι Γερμανοί ήταν ιδιαίτερα πρόθυμοι να συναινέσουν. Τον επόμενο χρόνο ανακοινώθηκε στην Ισραηλιτική Κοινότητα μία διαταγή για την άμεση απαλλοτρίωση δύο μεγάλων εκτάσεων του νεκροταφείου, η πρώτη βρισκόταν ακριβώς μπροστά από το Πανεπιστήμιο και η δεύτερη στα βορειοανατολικά, κοντά στις Σαράντα Εκκλησιές. Επιτράπηκε η διατήρηση των τάφων που είχαν χτιστεί τα τελευταία 30 χρόνια, ενώ διατάχθηκε να ξεκινήσει άμεσα η εκταφή των λειψάνων από τους υπόλοιπους.Το νεκροταφείο επρόκειτο να καταστραφεί μετά την ολοκλήρωση των εκταφών. Η διαδικασία ήταν φρικτή, καθώς οι τάφοι καταστρέφονταν ανεξάρτητα από την παλαιότητα ή το ιστορικό ενδιαφέρον των επιγραφών. Βουνά από τούβλα που κάλυπταν τα μνήματα κατασχέθηκαν από τους Γερμανούς ή διατέθηκαν σε Έλληνες Χριστιανούς με ή χωρίς αντάλλαγμα. Ο αρχαιολόγος Πελεκανίδης εργάστηκε σε συνεργασία με τις ομάδες καταστροφής και εξέτασε τεράστιο όγκο επιγραφών, προκειμένου να διασωθούν εκείνες που έφεραν Λατινικές, Ελληνικές ή Βυζαντινές επιγραφές. Οι Εβραϊκές επιγραφές αγνοήθηκαν. Μεγάλος αριθμός μεταφέρθηκε και χρησιμοποιήθηκε ως δομικά υλικά για την ανοικοδόμηση της εκκλησίας του Αγίου Δημητρίου. Μέσα σε ένα μήνα, η σπουδαία νεκρόπολη έμοιαζε με σεληνιακό τοπίο. Στη ρημαγμένη αυτή έκταση υπήρχαν κομματιασμένα μάρμαρα, σωροί από χώμα και τούβλα αναμεμιγμένα με τα λείψανα των νεκρών.http://www.jmth.gr/web/thejews/pages/pages/necropGR.htm