Η ΖΩΗ ΤΟΥ Θεόδωρου Πάγκαλου υπήρξε ταραχώδης και ανατρεπτική. Από την ένταξή του στη νεολαία Λαμπράκη και τη ΔΑΣ 114, τη Δημοκρατική Αντίσταση Σπουδαστών, μια μετωπική –όπως τη χαρακτήριζε ο ίδιος– οργάνωση της νεολαίας της ΕΔΑ, που έδερνε και πετούσε ασφαλίτες έξω από τα πανεπιστήμια, ο Θ. Πάγκαλος συμμετείχε ενεργά σε όλους τους ανατρεπτικούς κύκλους της εποχής του.
Ο ίδιος έχει αναφερθεί στο παρελθόν στη μακρά του θητεία στον υπαρξισμό, που είχε ξεκινήσει από την παράγκα του Σίμου τη δεκαετία του '50. «Ο Σίμος ήταν άνθρωπος χωρίς ευρύτερη μόρφωση, αλλά όχι χωρίς ενδιαφέρον. Ήταν γνήσια ριζοσπάστης και είχε πολύ ενδιαφέρουσα φαντασία».
Ο ίδιος έχει αναφερθεί στο παρελθόν στη μακρά του θητεία στον υπαρξισμό, που είχε ξεκινήσει από την παράγκα του Σίμου τη δεκαετία του '50.
Στο Παρίσι ως στέλεχος του ΚΚΕ έχει αναφέρει ότι γνώρισε τον Αλέξανδρο Γιωτόπουλο, που καταδικάστηκε για συμμετοχή στη 17 Νοέμβρη, ο οποίος ήταν αντιπρόεδρος στη φοιτητική ένωση του Παρισιού. Τον είχε διαγράψει μαζί με άλλους τρεις από το ΚΚΕ «για εξτρεμισμό, μικροαστικό τυχοδιωκτισμό και χαρτοπαιξία, νομίζω, γιατί έπαιζαν πόκερ. Τώρα, γιατί έβαλα και τη χαρτοπαιξία; Είναι το λεγόμενο σταλινικό αμάλγαμα…», όπως ανέφερε.
Στη Γαλλία κατηγορήθηκε για παράνομη μεταφορά όπλων στην Ελλάδα: «Ήρθε ένας από την Αθήνα και με έπεισε να τους στείλω μερικά πιστόλια για να κάνουν 5-6 χαρακτηριστικές εκτελέσεις χαφιέδων μέσα στο πανεπιστήμιο» είχε αναφέρει.
Τα όπλα παραδόθηκαν στον άγνωστο παραλήπτη μ' ένα αυτοκίνητο του Μίκη Θεοδωράκη, όπως είχε πει ο ίδιος. Αν και η επιχείρηση παράδοσης φαινόταν να έχει στεφθεί με επιτυχία, τρεις μήνες αργότερα ο τότε επίκουρος καθηγητής Θεόδωρος Πάγκαλος δέχτηκε την επίσκεψη της αστυνομίας στο σπίτι του και ακολούθησε η σύλληψή του. Τον έσωσε ο τότε μεγαλοδικηγόρος και μετέπειτα υπουργός της κυβέρνησης Μιτεράν, Ρολάν Ντιμά, ο οποίος είχε φιλικές σχέσεις με τη Λουσίλ Φορ, τη γυναίκα του Εντγκάρ Φορ, του τότε Γάλλου υπουργού Δικαιοσύνης.
Εξίσου ταραχώδης ήταν και η προσωπική ζωή του. Συνδέθηκε με τρεις γυναίκες, παντρεύτηκε τις δύο και απέκτησε πέντε παιδιά. Το 1963, σε ηλικία 25 ετών, παντρεύεται την Ιωάννα Λυμπέρη. Μαζί αποκτούν ένα παιδί. Δύο χρόνια μετά τον γάμο του το ζευγάρι μετακομίζει στο Παρίσι, καθώς ο νεαρός Πάγκαλος πήρε υποτροφία από τη γαλλική κυβέρνηση για μεταπτυχιακές σπουδές. Η Ιωάννα σπουδάζει Ιστορία της Τέχνης στη Σορβόννη και Αρχιτεκτονική στην Ανωτάτη Εθνική Σχολή Καλών Τεχνών, ενώ ο Θόδωρος Πάγκαλος, μετά την ολοκλήρωση της διδακτορικής διατριβής του στα Οικονομικά διδάσκει στο Πανεπιστήμιο της Σορβόννης ως επίκουρος καθηγητής.
Στα τέλη της δεκαετίας του '70 συνδέεται με την επίκουρη καθηγήτρια Κοινωνιολογίας Ιωάννα Καυταντζόγλου, απόγονο του αρχιτέκτονα Λύσανδρου Καυταντζόγλου, στα έργα του οποίου συγκαταλέγονται το κτίριο του Πολυτεχνείου και το Οφθαλμιατρείο Αθηνών στην οδό Πανεπιστημίου. Δεν παντρεύονται ποτέ και μαζί αποκτούν ένα παιδί.
Ο δεύτερος γάμος του έρχεται στις αρχές της δεκαετίας του '90. Παντρεύεται τη Χριστίνα Χριστοφάκη, δημοσιογράφο της «Ελευθεροτυπίας». Το ειδύλλιο πλέκεται όταν η δημοσιογράφος δουλεύει μαζί του την προεκλογική περίοδο κατά την οποία ο Θ. Πάγκαλος θέτει υποψηφιότητα για τη δημαρχία της Αθήνας. Με τη Χριστίνα Χριστοφάκη απέκτησε δίδυμους γιους και στη συνέχεια μια κόρη.
