Δυσφορία έχει προκαλέσει σύμφωνα με πληροφορίες στην Αρχιεπισκοπή η τοποθέτηση του Νίκου Φίλη στο υπουργείο Παιδείας, χωρίς πάντως προς το παρόν να έχει δημοσιοποιοηθεί αυτή η δυσφορία δημόσια.
Αυτό που κάνει την εκκλησία να εκφράζεται αρνητικά σε αυτή την τοποθέτηση είναι οι δηλώσεις του κ. Φίλη την εποχή της μεταφοράς του λειψάνου της Αγ. Βαρβάρας σε νοσοκομεία για να προσκυνήσουν οι ασθενείς.
Ο σημερινός υπουργός Παιδείας και Θρησκευμάτων είχε μιλήσει τότε από τα τηλεοπτικά παράθυρα για εμπόριο λειψάνων, προκαλώντας την αντίδραση της Εκκλησίας που απάντησε μεταξύ άλλων: «Εμπόριο λειψάνων κάνει ο κ. Φίλης. Εμπορεύεται τα λείψανα ενός δήθεν αριστερού αντικληρικαλισμού, ο οποίος και παραπέμπει σε περιόδους Μεσαίωνα, αφού επιδιώκει να περιορίσει την ελευθερία της θρησκείας».
Ένα ακόμη «ντεζαβαντάζ» του νέου υπουργού κατά τους εκκλησιαστικούς κύκλους είναι ότι έχει ταχθεί υπέρ του διαχωρισμού Κράτους-Εκκλησίας.
Σύμφωνα με την Καθημερινή, ο κ. Ιερώνυμος αναμένει τις προγραμματικές δηλώσεις της κυβέρνησης και την επίσκεψη του υπουργού στη Μονή Πετράκη προκειμένου να σχηματίσει ολοκληρωμένη άποψη.